Türkiye Futbol Federasyonu tarafından, 2012-2013 sezonunda Coca-Cola Akademi Ligi'ne katılacak takımlar ve grupları ile Coca-Cola Elit Akademi Ligi'ne katılacak takımlarla ilgili yeni düzenlemeler yapıldı.
Gelişim Ligleri Statüsü'nde yer alan esaslara göre ilgili kriterleri yerine getiren ve aralarında Samsunspor'un alt yapı takımlarının da bulunduğu ligler 1 Eylül 2012 tarihinde başlayacak.
Bu sezon TFF Futbol Gelişim Direktörlüğü'nün organizasyonunda; Akademi ve Elit Akademi olmak üzere iki farklı kategori yer alacak. Coca-Cola Akademi Ligi organizasyonunda takımlar bölgesel olarak gruplandırılırken, Elit Akademi Ligi organizasyonu yurt geneli bir gruplandırılma ile oynanacak. Her iki lig organizasyonunda da yaş kategorileri U14, U15, U16, U17 ve U18 olmak üzere belirlenirken, katılımcı kulüplerin liglere tüm yaş gruplarında iştirak etme zorunluluğu getirildi.
Coca-Cola Akademi Ligi bu sezon Batı A - Batı B, Anadolu ve Doğu Anadolu olmak üzere 4 grupta bölgesel olarak oynanacak. Batı A grubunda 12, Batı B grubunda 10, Anadolu Grubu'nda 11, Doğu Anadolu Grubu'nda ise 5 takım yer alacak. Batı A - Batı B ve Anadolu gruplarında müsabakalar çift devreli lig usulüne göre oynanacak. Doğu Anadolu Grubu'nda ise karşılaşmalar üç devreli lig usulüne göre yapılacak. Doğu Anadolu Grubu müsabakaları 29 Eylül 2012 tarihinde başlayacak. Böylelikle Coca-Cola Akademi Ligi heyecanı ilk kez doğuya taşınmış olacak.
Yurt genelinde oynanacak olan ve Samsunspor'un bünyesindeki U14, U15, U16, U17 ve U18 takımlarının da yeraldığı Coca-Cola Elit Akademi Ligi'ne 19 takım katılacak. Bu takımlar çift devreli lig usulüne göre, bu kategorideki müsabakalarını oynayacaklar.Toplamda 57 kulübün mücadele edeceği Coca-Cola Akademi Ligi ve Coca-Cola Elit Akademi Ligi'nde yer alan takımlar müsabaka takviminin yoğunluğu nedeniyle Cumartesi ve Pazar günlerinin dışında maçlarını Salı ve Çarşamba günleri de oynayabilecek. Elit grubun ve A2 takımı lig fikstürleri ise daha sonra çekilecek.Buna göre U14, U15, U16, U17 ve U18 takımları, Elit Akademi Ligi'nde Ankaraspor, Beşiktaş, Bucaspor, Bursaspor, Boluspor, Çaykur Rizespor, Dardanelspor, Eskişehirspor, Fenerbahçe, Galatasaray, Gençlerbirliği, İstanbul BBSK, Kardemir Karabükspor, Kayserispor, Medical Park Antalyaspor, MKE Ankaragücü, Turgutluspor ve Trabzonspor ile mücadele edecek.